Eelke de Jong is sinds augustus 1994 hoogleraar Internationale Economie aan de Radboud Universiteit Nijmegen (tot september 2005 de Katholieke Universiteit Nijmegen). Daarvoor werkte hij aan de Rijksuniversiteit Groningen en aan de Universiteit van Amsterdam. In het voorjaar van 1994 was hij als gastdocent verbonden aan het Centre for Economic Research and Graduate Education van de Karelsuniversiteit te Praag. Zijn onderzoek beweegt zich vooral op het terrein van de internationale monetaire en financiële economie, waar hij onderzoek heeft gedaan naar mandvaluta, wisselkoersen en de positie van ontwikkelingslanden. Hierover heeft hij in verschillende internationale tijdschriften gepubliceerd.
De laatste tien jaar houdt hij zich ook bezig met de rol van waarden en normen (cultuur) op economische instituties en economische prestaties. Eind april 2009 verschijnt van hem het boek Culture and Economics: On values, economics and international business bij Routledge in Londen. Dit boek beoogt een overzicht van het veld te geven en is mede door steun van NWO tot stand gekomen.
Hij is lid van de wetenschappelijke raad van het Thijmgenootschap, dat publicaties uitgeeft en symposia organiseert over verschillende wetenschappelijke onderwerpen. Waar mogelijk wordt hierin een verband gelegd tussen levensbeschouwing en wetenschap. Eelke de Jong treedt regelmatig op in de media. Hij schrijft maandelijks een opiniërend artikel voor het Friesch Dagblad / Het Goede Leven en sinds maart 2009 beantwoordt hij in De Gelderlander wekelijks vragen van lezers over de kredietcrisis.